Заходим в папку менеджера ISPConfig 3
cd /tmp/ispconfig3-nightly/install

и удаляем
php -q uninstall.php

далее удаляем локальную папку с менеджером
rm -rf /usr/local/ispconfig

Далее подключаемся к Mysql
mysql -uroot -p
Enter password, Вводим пароль

Выбираем базу данных созданную ISPconfig и удаляем ее
use dbispconfig;
drop database dbispconfig;

Теперь можем начать установку заново.

Заходим в папку
cd /tmp/ispconfig3-nightly/install
и вводим команду установки
php -q install.php

Если нужно удалить окончательно то удаляем установочные папки в tmp
rm -rf /tmp/ispconfig3-nightly
rm -rf /tmp/ispconfig.tar.gz
rm -rf /usr/local/ispconfig