В ISPConfig 3 есть два различных файла конфигурации, один для серверной части, а другой для интерфейса.

Интерфейс:
/usr/local/ispconfig/interface/lib/config.inc.php

Сервер:
/usr/local/ispconfig/server/lib/config.inc.php

Пароль администратора, который используется только для создания новых баз данных MySQL, хранится в следующем файле:
/usr/local/ispconfig/server/lib/mysql_clientdb.conf